Συντονιστής Μαθήματος: Γ. Σακελλαρόπουλος

Εκπαιδευτικοί Στόχοι

Το μάθημα έχει ως στόχο την εξοικείωση των μεταπτυχιακών φοιτητών με την εφαρμογή μεθοδολογιών Βιοστατιστικής και Βιοπληροφορικής. Αυτό επιτυγχάνεται με έκθεση των μεθοδολογιών, συζήτηση επί της καταλληλότητας των μεθοδολογιών για την ανάλυση δεδομένων συγκεκριμένων ερευνητικών θεμάτων και με χρήση λογισμικού (SPSS, Excel, λογισμικό Διαδικτύου) για την επίλυση πραγματικών προβλημάτων.

Περιγραφή Μαθήματος

Το πρόγραμμα συνίσταται από 2 ενότητες. Η πρώτη ενότητα περιλαμβάνει μεθοδολογίες Βιοστατιστικής και η δεύτερη μεθοδολογίες Βιοπληροφορικής.

Α’ ενότητα:

• Περιγραφική στατιστική (μέτρα κεντρικής τάσης και διασποράς, παρουσίαση δεδομένων σε πίνακες και γραφήματα),
• Στοιχεία θεωρίας πιθανοτήτων (δεσμευμένη πιθανότητα, ευαισθησία και ειδικότητα test, κανόνας του Bayes, προβλεπτική αξία, κατανομές πιθανότητας),
• Στατιστική δειγματοληψία (τυπικό σφάλμα μέσης τιμής, κεντρικό οριακό θεώρημα),
• Στατιστική συμπερασματολογία (διατύπωση μηδενικών υποθέσεων, σύγκριση μέσων τιμών διαφορετικών δειγμάτων, τύποι σφαλμάτων, ισχύς στατιστικής δοκιμασίας, πίνακες συνάφειας και δοκιμασία χ2)
• Γραμμική παλινδρόμηση & γραμμική συσχέτιση (εννοιολογική διαφορά μεταξύ τους, χρήση ευθειών γραμμικής παλινδρόμησης στην πρόβλεψη, διάστημα εμπιστοσύνης της ευθείας, γραμμικός συντελεστής συσχέτισης)

Β’ ενότητα

• Βιολογικές Βάσεις Δεδομένων Αλληλουχιών
• Τρόποι αναζήτησης σε Βάσεις Δεδομένων
• Λογισμικό ανάλυσης νουκλεοτιδικών & αμινοξικών αλληλουχιών (εύρεση τοπολογίας πρωτεΐνης στο κύτταρο, ανάλυση αρχιτεκτονικής δομής λειτουργικών περιοχών πρωτεΐνης, ανάλυση χαρακτηριστικών μοτίβων πρωτεΐνης, ανάλυση των φυσικοχημικών παραμέτρων, μετα-μεταφραστικών τροποποιήσεων, διαμεμβρανικών περιοχών, δευτεροταγούς και τριτοταγούς δομής μιας πρωτεΐνης, σύγκριση δύο ή περισσοτέρων αμινοξικών αλληλουχιών και δημιουργία αντίστοιχου φυλλογενετικού δένδρου)
• Μικροσυστοιχίες και ανάλυση δεδομένων μικροσυστοιχιών